Nació el 07 de Mayo de 1768 en San Miguel "El Grande" (en la actualidad San Miguel de Allende en el estado de Guanajuato). Estudió abogacía en la ciudad de México (capital del virreinato), pero abandonó esa profesión para dedicarse a...

la agricultura y el comercio, con los que acumuló un respetable capital. Como hermano de Juan Aldama, estaba enterado de la conspiración y, al estallar el movimiento de Independencia, se incorporó a él y firmó como alcalde de San Miguel el Grande el acuerdo del 24 de Septiembre de 1810, por el cual se reconocía la autoridad de Miguel Hidalgo; este acto, le valió la expulsión del Colegio de Abogados.

Ayudó en el abastecimiento del ejército insurgente, y cuando la ciudad cayó en poder de las fuerzas realistas, en el mes de Noviembre de 1810 (justo antes de la "Batalla de Aculco"), se unió a las tropas libertadoras y siguió con ellas a Guanajuato y Guadalajara, en donde colaboró en la publicación de "El Despertar Americano". Se ha dicho también que Aldama protestó ante Hidalgo por los que él consideraba excesos de los revolucionarios. Éste fue un tema de discusión frecuente entre los caudillos de la Independencia; las opiniones estaban determinadas por las diferencias de posición económica y social.

En Saltillo, y ya con el grado de mariscal de campo, fue designado por Ignacio Allende el 06 de Febrero de 1811, como representante ante el gobierno de los Estados Unidos, por lo que parte hacia ese país en compañía de Fray Juan de Salazar, para pedir apoyo económico a fin de adquirir armamento. En su viaje en dirección al norte, al llegar a San Antonio de Béjar (en aquel entonces territorio de Coahuila, actual San Antonio, Texas, EE. UU.), fue aprehendido por José Manuel Zambrano, partidario realista quien había triunfado sobre Juan Bautista Casas (partidario pero del movimiento independiente), con el argumento de que no tenía su pasaporte en regla; en realidad, el enemigo sabía cual era el destino del caudillo insurgente.

Conducido Ignacio Aldama de regreso a la ciudad de Monclova, se le instruyó proceso sumario y se le condenó a muerte. Se conoce un documento en el que, poco antes de su ejecución, se declara equivocado y arrepentido de participar en el movimiento independiente, pero existen dudas acerca de su autenticidad. Murió fusilado el 19 de Junio de 1811, en Monclova, Coahuila, fue el primer jefe insurgente muerto fuera de campaña.